Horthy Miklós a zsidóság jogainak korlátozásával, gazdasági visszaszorításával alapvetően egyetértett egész élete során.
Hiszen Teleki Pál egykori miniszterelnökhöz írott levelében így fogalmazott: „ Ami a zsidókérdést illeti, én egész életemben antiszemita voltam, zsidókkal sohasem érintkeztem. Tűrhetetlennek tartottam, hogy itt Magyarországon minden-minden gyár, bank, vagyon, üzlet, színház, újság, kereskedelem stb. zsidókezekben legyen, és hogy a magyar tükörképe – kivált külföldön – a zsidó. Azonban, minthogy a kormányzat egyik legfontosabb feladatának az életstandard emelését tartom, tehát gazdagodnunk kell, lehetetlen a zsidókat, kiknek minden a kezükben volt, egy-két év leforgása alatt kikapcsolni, és hozzá nem értő, leginkább értéktelen, nagyszájú elemekkel helyettesíteni, mert tönkre megyünk. Ehhez legalább egy emberöltő kell. Én hirdettem talán először hangosan az antiszemitizmust, azonban nem nézhetek nyugodtan embertelenségeket, szadista, oktalan megaláztatásokat, mikor még szükségünk van rájuk.”
Ezt erősítette meg egy a magyarországi zsidó vezetőkkel 1937-ben lefolytatott találkozójában, melyről Stern Samu emlékirataiban lehet olvasni.
Horthy kifejtette, hogy a magyar zsidóság ipart teremtő munkája milyen nagyszerű, nem beszélve például a filmiparról, Zukorról és másokról, ami nem zsidó kezekben van, hanem magyar zsidók irányítják, akik az egész világon a legnagyobb elismerésnek örvendenek. Ugyanakkor Horthy megemlítette, hogy a razziák nem a magyar zsidóság ellen folynak, hanem, hanem az országba beszivárgottak ellen, akik különböző visszaéléseket követnek el, síbolnak, és más hasonló cselekedetetekkel ártanak. Stern Samu, talán az elmúlt időszak megszokott, vagy megszokni vélt hagyományaira alapozva válaszolt.
„Stern ezután szerencsésen fogalmazott mondatokban kijelentette, hogy a „csirkefogókkal és gazemberekkel” és azokkal a síberekkel, akikről a Kormányzó úr beszédének elején említést tett – dacára annak, hogy ezek zsidóvallásúak – a hivatalos hitközség semmilyen szolidaritást nem érez és így a küldöttség másik három tagja és őközötte, aki a hitközség elnöke, e tekintetben még árnyalatokban sincs semmi felfogásbeli különbség. Ezzel az elemmel a hitközség soha és semmilyen formában szolidaritást nem vállal és ezek érdekében soha, semmilyen formában interveniálni nem fog, sőt ellenkezőleg, ezeket éppen a hivatalos hitközség ítéli el a legsúlyosabban… Stern kijelentése a Kormányzó Úrra láthatólag mély benyomást gyakorolt.”
A korszak végén elfogadott zsidótörvényeket azonban nem ő kezdeményezte, igaz nem is tett ellenük semmit.Horthy mérlegelhette volna a zsidótörvények aláírását, és fel is oszlathatta volna az Országgyűlést, ezenkívül állásfoglalásaiban és interjúkban kifejezhette volna ellenvetését, de ezt nem tette meg.Horthy a második zsidótörvényt embertelennek nevezte – ezt a budapesti német követtel is közölte -, és kilátásba helyezte, hogy él vétójogával él, de végül nem tette meg. Az 1944. március 19-ei német megszállás után a zsidó emberek sorsával kapcsolatban június végéig nem szólalt meg Horthy, miközben írásos jelentésekből tudomást szerzett a gettósításról. Joggal köthető össze Horthy neve az 1944-es deportálásokkal, mert a lényeget illetően bizonyíthatóan tudott arról, ami történt.
A nemzetközi nyomás és a megváltozott katonai helyzet hatására Horthy 1944. június 26-ára koronatanácsot hívott össze, melyen javasolta a deportálások beszüntetését. Ennek ellenére Sztójay miniszterelnök és Jaross Andor belügyminiszter sikerrel szabotálta Horthy szándékait. Baky azt tervezte, hogy július elején több ezer csendőrt a fővárosba vezényelnek, és akár a kormányzó akarata ellenére is deportálják a budapesti zsidóságot. A csendőrök budapesti feltűnése azonnali cselekvésre késztette Horthyt, aki attól félt, hogy puccsot terveznek ellene. A hozzá hű fővárosi és a vidékről Budapestre rendelt páncélos alakulatok távozásra kényszerítették a csendőrséget.
1944. július elejére már csak a budapesti és a munkaszolgálatos zsidók maradtak Magyarországon. Az egyre romló hadihelyzet, a külföldi tiltakozáshullám és az auschwitzi tömegmészárlásokról szóló hírek (pl. Auschwitz-jegyzőkönyv) terjedésével Horthy július 6-án leállította a deportálásokat.
1944. július 6-án Edmund Veesenmayer német nagykövet táviratozott Joachim von Ribbentrop külügyminiszternek.
"Távbeszélőn történt érdeklődésemre e pillanatban értesülök Sztójaytól, hogy a kormányzó, nyilvánvalóan a magyar kormánnyal egyetértésben, leállította a zsidóakciók folytatását. Sztójay holnapra magához kéretett, hogy pontosan tájékoztasson azokról az eseményekről, amelyek e döntéshez vezettek. Tegnap este még hosszabb tárgyalást folytattam Sztójayval, melynek során, hivatkozással a RAM. 708/44. sz. július 3-i távirati rendelkezésre, az utasítás szerinti közlést megtettem. Sztójayt nagyon megdöbbentette, és ismételten arra kért, eszközöljem ki a birodalmi külügyminiszter úrnál a birodalmi kormány hozzájárulását azokhoz a javaslatokhoz, melyek a magyar zsidók érdekében külföldön elhangzottak.
A zsidókérdés miatt a kormányzóra és a magyar kormányra a táviratok, felszólítások és fenyegetések pergőtüze zúdul. Így több ízben sürgönyzött a svéd király és a pápa is. A pápai nuncius napjában többször is felkeresi a kormányzót és Sztójayt. Ugyancsak így jár el a török és svájci kormány, spanyol vezető férfiak és - nem utolsósorban - számos magyar személyiség.
Szigorú titoktartás mellett azután Sztójay felolvasta a berni angol és amerikai követek kormányaikhoz intézett három titkos táviratát, melyeket a magyar elhárítás megfejtett. Ezek részletesen leírják mindazt, ami a Magyarországról deportált zsidókkal történik. Megemlítik a sürgönyök, hogy ott már másfélmillió zsidót semmisítettek meg, és ugyanezt a sorsot fogja elszenvedni a most elszállított zsidók legnagyobb része is. Ugyanazokban a táviratokban a következő javaslatokat teszik: bombázzák és semmisítsék meg a zsidószállítmányok rendeltetési helyét, és rombolják szét a vasútvonalakat, melyek Magyarországról erre a helyre vezetnek. Minden magyar és német hatósági szervet, mely ebben az ügyben közreműködött (itt pontosan közlik a budapesti utcákat és házszámokat) célbombázással kell sújtani, és végül az egész világra kiterjedő, nagyszabású propaganda keretében ismertessék a pontos a tényállást. Egy további táviratban a fő felelősöket, 70 magyar és német személyiséget, név szerint sorolnak fel.
Az a feltevésem, hogy időközben, ma éjjel a kormányzó is tudomást szerzett erről és a most felsorolt pontokkal együtt ez a tény vezetett a bevezetésben említett döntéshez. Hozzájárultak ehhez továbbá a keleti helyzettel foglalkozó ellenséges jelentések is, amelyek itteni egész baráti körünkben többé-kevésbé mély lehangoltságot keltettek. A jobb hangulat, amelyet a "V.1" bevetése váltott ki, a keletről érkező jelentések hatására eltűnt, és az ellenkező végletbe csapott át. Itt elsősorban csak az orosz frontot figyelik. Egyidejűleg kiéleződött a belső helyzet is. A részben nagyon súlyos, lakónegyedekre is kiterjedő bombázások kihatásai igen kellemetlenek, és széles körök attól tartanak, hogy a zsidók eltávolítása után Budapest elpusztul.”
Ami a különböző rémhíreket illeti egy visszaemlékező így ír: „ A városban időről időre rémhírek terjedtek el a zsidókra váró újabb megpróbáltatásokról. A szóbeszédek nem voltak alaptalanok. Baky László államtitkár Eichmannal egyeztetve csendőri alakulatokat összpontosított a fővárosba azzal a céllal, hogy a deportálásokat a már ismert brutalitással Budapesten is végrehajtsák. Így lett volna teljesen zsidómentes Magyarország. A nemzetközi tiltakozástól, a normandiai sikeres partraszállástól és a keleti front megállíthatatlan közeledésétől felbátorodott kormányzó a hozzá hű harckocsizó alakulatok segítségével nyomást gyakorolt a csendőrpuccs kitervelőire, a városba vezényelt karhatalmi erők visszatértek állomáshelyükre, s az akció elmaradt. Minderről a fenyegetett közösségnek fogalma sem volt. A növekvő pánikhangulatot jelezte, hogy a mi csillagos házunkban, ahol egyébként egy görög katolikus lelkészi hivatal is működött az I. emeleten, a lépcsőház egy részét kitöltő sorok álltak. A várakozók nem tudom, mit remélhettek, de a sorok napokig nem csökkentek. Talán ez a látvány indított el a nagyapámat, hogy elvigyen engem a Szent István körút és a Honvéd utca sarkán levő étterem pincehelyiségébe, ahol a szociális nővérek tartottak előadást az áttérni szándékozóknak. A helyszín megmaradt az emlékezetemben, de a kedves nővér mondandójára nem emlékszem.”
Horthy Miklós ugyan július 6-án leállította a deportálásokat, így a mintegy 200-250 ezres budapesti zsidóság közel kétharmada végül megmenekült a haláltól.
Horthy Miklós ugyan július 6-án leállította a deportálásokat de ez az igen megkésett fellépése ugyanakkor még nyilvánvalóbbá teszi a 437 ezer vidéki zsidó deportálásáért rá háruló felelősséget.
Hiszen Horthy 1944. május közepén kapta meg az úgynevezett auschwitzi jegyzőkönyveket, amelyek beszámoltak arról, hogy a náci haláltáborokban meggyilkolják a zsidókat; a dokumentumok tartalmát azonban akkor már ismerhette, hiszen ő és a politikai elit 1942 nyarától kezdve tökéletesen tisztában volt azzal, hogy a németek a megszállásuk alatt lévő zsidókat kiirtják. Két évnek kellett eltelnie ahhoz, hogy lépjen.
Ez 437 ezer magyar ember életébe került, akiknek egy bűnük volt, zsidónak születtek.
Ha július elején képes volt akaratát a németekkel és a hazai szélsőjobboldallal szemben keresztülvinni, akkor valószínűleg júniusban vagy májusban is képes lehetett volna rá.
Határozatlanságára, folyamatos befolyásolhatóságára jellemző, hogy Horthy Miklós 1944. július 6-án parancsot adott ugyan a deportálások leállítására, július végén azonban azokat újra engedélyezte, de újabb vonatokat nem indítottak el, mert a deportálásokat a kormányzó ismét leállította.
A magyarországi, budapesti zsidóság számára egyáltalán nem fejeződtek be a szörnyűségek.