Különös pályafutást futott be. Tulajdonképpen jellegzetes magyar, közép-európai közéleti ember volt. Fiatalemberként több olyan cselekedete is volt, melyek azt jelentették, hogy a szélsőséges magyar jobboldal egy újabb nagyreményű emberrel gyarapodott. Nem tartozott a polgári politikusok közé, inkább nemzeti radikálisnak nevezhetnénk. Számára a magyarság szentség volt, a magyar nemzeti érdek volt a legfőbb iránytűje. Ráadásul nem egyszerűen magyar nemzet, hanem a keresztény középosztály hőse volt.
Bajcsy-Zsilinszky önként jelentkezett a frontra, harcolt, megsebesült, alig gyógyult meg, újra a frontra kérte magát. A háború után különböző fajvédő szervezeteknek volt tagja, Gömbös Gyula harcostársaként fajvédő lapokat alapított és intenzíven szidta a zsidókat.
Azonban eljött az életében egy pont, amikor rájött, a harcos fajvédő politika Magyarországnak árt, benne minden itt élő magyar embernek, legyenek azok bármilyen származásúak. Országgyűlési képviselőként a nyilas képviselők üvöltése közben mondta végig a Parlamentben az újvidéki vérengzést leleplező beszédét. A beszédből semmit se lehetett érteni, de Zsilinszky állta az ordító, fenyegetőző nyilasok ostromát.
És nem hagyta, hogy az ügy elaludjon. Mint igaz magyart, sértette, hogy nemzete katonasága ilyen aljasságra vetemedett, és ő, a nagy nacionalista és antiszemita, ezúttal azzal vádolta meg a magyar hadsereget és név szerint Feketehalmy-Czeydner tábornokot, hogy Újvidéken ártatlan szerbek és zsidók ezreit gyilkoltatta meg. És Feketehalmyt a vádlottak padjára ültették.
Elítélni már nem tudták, mert Horthy Miklós közbelépett. Megkérdezte Feketehalmyt: Maga tényleg civilekkel kegyetlenkedett? Szó sincs róla, zsidó rágalom az egész! Nekem - mondta Horthy - egy magyar tiszt becsületszava többet ér az úgynevezett bizonyítékoknál. És szabadon engedte Feketehalmyt, aki rögtön Németországba szökött, hogy a nyilas puccs után már SS-tábornokként térjen vissza.
A Független Kisgazdapárt színeiben az 1939-es általános választásokon a megnőtt tarpai kerületen kívül Szatmár, Ugocsa és Bereg vármegye lajstromos választókerületében is fellépett és mint listavezető győzött, így újfent országgyűlési képviselő lett.
A második világháború kitörése után a Független Magyarország című hétfői politikai hetilap főszerkesztője volt. Elmélete szerint a németek visszaszorítása érdekében a Duna-menti kis népeknek össze kellene fogniuk. 1941-től a Szabad Szó című nemzetiszocializmus-ellenes lap szerkesztője volt, ebben az évben az egyik főszervezője volt a március 15-ei nemzetiszocializmus-ellenes tüntetésnek.
1942. november 19-én országgyűlési felszólalásában kevesellte a pénzügyminiszter által beterjesztett hadügyi költségvetést, mely szerinte kiszolgáltatta az országot a külső támadásoknak. Másfélmilliós, jól felszerelt honvédség felállítását követelte, egyetlen biztosítékképpen a korábbi kisantant most éppen német vezetéssel való szervezkedése, azon belül is az egyre vakmerőbb és provokálóbb román fenyegetés ellen. A másfélmilliós honvédség realitását jól szemlélteti, hogy ekkoriban a magyar hadiiparnak problémát jelentett annak a 20.000 főnek a felfegyverzése, akiket a fronton harcoló 2. magyar hadsereg veszteségeinek pótlására kellett volna kiküldeni.
Kisgazda politikusként eljutott odáig, hogy a magyar kormány számtalan intézkedését kifogásolja.
1943. július 31-én a Független Kisgazdapárt vezetői memorandumot nyújtottak át Kállaynak. A memorandum – amelyet Bajcsy-Zsilinszky Endre fogalmazott – első része a magyar történelem során megvívott függetlenségi és szabadságharcok történetével, második része pedig a háromhatalmi egyezményhez való csatlakozással és Bárdossy alkotmányellenes hadüzeneteivel foglalkozott. Megállapította, hogy a két hadüzenetre a hármas paktumban vállalt feltételek sem kötelezték Magyarországot, s ezért leszögezte: a magyar kormány politikai és erkölcsi kötelezettsége kivonulni ebből a háborúból.
Ezután a memorandum kifejtette semlegességünk visszaszerzésének szükségességét, az alkotmányos jogrend teljes helyreállítását, követelte a zsidótörvények hatályon kívül helyezését, a szélsőjobboldali pártok részéről fenyegető forradalom és polgárháború csíráinak elfojtását, a zsablyai és újvidéki véres események elkövetőinek felelősségre vonását, a szerbekkel, horvátokkal és szlovákokkal való megegyezést, hangsúlyozta Dél-Erdély elfoglalásának szükségességét, valamint az egész Erdélynek és Kárpátaljának adandó széles körű autonómiát.
A memorandum harmadik részének Bajcsy-Zsilinszky a „Magyarország és Közép-Európa címet adta. Követelte a semlegesség helyreállítását, a hadsereg és a hivatalnoki kar megtisztítását a nem odavaló elemektől, a kossuthi szellemtől áthatott magyar honvédség megerősítését, a nemzetiségi kérdésnek a Deák–Eötvös-féle törvény szellemében való rendezését, majd így folytatódott: „Magyarország felsőbbrendű rendfenntartó szerepében hasznos tényező lehet Közép-Európában… Nekünk magyaroknak csak a magunk eredeti, igazi hagyományainkkal jobban összehangolandó politikáját kell összeegyeztetni a világ újjászervezésének immár kialakult angolszász alapelveivel”. A memorandumnak nem lett komoly hatása, de egy dolgot megmutatott, hogy voltak olyan magyar politikusok, közemberek, akik pontosan tudták, nem lehet folytatni az embertelenségeket.
Minden, magát nemzeti radikális politikusnak ajánljuk Bajcsy-Zsilinszky Endre gondolatait.
